亞里士多德的這些見解，在他的生物著作里表現(xiàn)得最全面。他把五百四十種 動(dòng)物按照它們形狀的等次分門別類，而且他一定曾經(jīng)解剖過至少有五十種不同種類的動(dòng)物來研究它們的生理構(gòu)造，這在亞里士多德看來，就是表現(xiàn)了這些動(dòng)物的形式因或設(shè)計(jì)目的。亞里士多德注意到有些動(dòng)物的構(gòu)造之間存在著某些聯(lián)系，例如他說：“沒有一個(gè)動(dòng)物同時(shí)具有長(zhǎng)牙和角的”，“我從來沒有看見過一個(gè)單蹄獸長(zhǎng)有兩只角的”。他設(shè)想自然從來不做無意的事，因此野獸不需要兼有角和長(zhǎng)牙來保護(hù)自己。亞里士多德觀察到，反芻動(dòng)物有一種多重胃，但是牙齒很不行，“由于自然一貫地從這一部分拿掉后，就會(huì)在另一部分加以補(bǔ)償”，所以他設(shè)想反芻動(dòng)物所以有一個(gè)復(fù)雜的胃就是為了補(bǔ)救它們不行的牙齒。
亞里士多德還考察了小雞和其他動(dòng)物在胚胎成長(zhǎng)期中形態(tài)的發(fā)展，一個(gè)動(dòng)物初生的成熟程度是他的分類法的一個(gè)重要標(biāo)準(zhǔn)。在這方面，亞里士多德指出，鯨魚是胎生的，這使它近似哺乳動(dòng)物，而不象產(chǎn)卵的魚類。他在這方面還提出了別的很好的聯(lián)系，例如他說：“長(zhǎng)毛的四足動(dòng)物胎生，有鱗的四足動(dòng)物卵生。”在亞里士多德看來，雄雌在生育上各有不同的貢獻(xiàn)，雌的提供實(shí)質(zhì)，即質(zhì)料因，雄的提供形態(tài)，即形式因。他說雄的是木匠，雌的是木材。
亞里士多德認(rèn)為各種生物形成一個(gè)連續(xù)的序次，從植物一直到人逐漸變得完善起來。完善的程度主要分十一級(jí)，以胚胎的標(biāo)準(zhǔn)為別。最高級(jí)動(dòng)物是熱和潮濕的動(dòng)物，都是胎生。另外一些潮濕的動(dòng)物但不是熱的，產(chǎn)生在雌性中發(fā)展起來的卵，如鯊魚就是一種。熱而干的動(dòng)物，如鳥類，生產(chǎn)“完全的”卵，而冷和帶土氣的動(dòng)物，如蛙，則產(chǎn)生“不完全的”卵。亞里士多德就是以這種方式把生物分為等級(jí)，根據(jù)它們初生時(shí)成熟程度的表現(xiàn)，“按它們所感染的潛在性多寡而分高下”。這一級(jí)的最高動(dòng)物和上一級(jí)的最低動(dòng)物是直接銜接著的，所以“它們的連續(xù)性使它們的界限不易辨別”。
亞里士多德指出，一個(gè)生物的完善性從它的結(jié)構(gòu)形式可以識(shí)別出來，但不是由這個(gè)形式?jīng)Q定的，因?yàn)橐粋�(gè)有機(jī)體的結(jié)構(gòu)是由它們的習(xí)慣和機(jī)能支配的。植物只能生長(zhǎng)和繁殖，結(jié)構(gòu)就比動(dòng)物簡(jiǎn)單，而且變化較少；動(dòng)物則不但生長(zhǎng)和繁殖，而且到處走動(dòng)并有感覺能力。根據(jù)亞里士多德的說法，一個(gè)有機(jī)體的習(xí)慣和機(jī)能，并由此連同它的結(jié)構(gòu)和完善程度，都是由它的靈魂或多種靈魂的性質(zhì)支配的。植物只有一個(gè)生殖的靈魂，擔(dān)任生長(zhǎng)和繁殖的任務(wù)，而動(dòng)物則另外還有一個(gè)有感覺的靈魂，支配它的主動(dòng)性和感覺能力。人不但具有生殖的靈魂和感覺的靈魂，還有一個(gè)理性的靈魂，理性靈魂的所在地是心，而不是以前哲學(xué)家設(shè)想的腦子。
亞里士多德在希臘科學(xué)史上標(biāo)志著一個(gè)轉(zhuǎn)折點(diǎn)，因?yàn)樗亲詈筇岢鲆粋�(gè)整個(gè)世界體系的人，而且是第一個(gè)從事廣泛經(jīng)驗(yàn)考察的人。以前的哲學(xué)家都是在脆弱的經(jīng)驗(yàn)基礎(chǔ)上建立他們的廣泛理論體系；這個(gè)趨向，亞里士多德在他早期的天文學(xué)著作中也曾遵循過。他的后期動(dòng)物學(xué)著作則包括有大量的觀察資料，而他的后繼者所發(fā)展的也是這種趨向。亞里士多德曾經(jīng)和柏拉圖的學(xué)園相對(duì)立，建立他的呂克昂學(xué)園，這個(gè)學(xué)園后來就由他的學(xué)生狄奧弗拉斯圖（Theophrastus，公元前372－287）繼續(xù)主持。狄奧弗拉斯圖繼續(xù)他老師的生物學(xué)研究工作，對(duì)多種植物進(jìn)行描述和分類。他給許多植物取的名稱在近代植物學(xué)里仍舊保存著，包括他創(chuàng)立的一些專用名詞，如Carpos指果實(shí)，Pericarpion指果殼。狄奧弗拉斯圖覺察到高級(jí)植物的繁殖屬于雌雄交配性質(zhì)，但是這一知識(shí)在古代的后期失傳了。
狄奧弗拉斯圖反對(duì)在自然界中尋找目的因，主張科學(xué)關(guān)心的只是動(dòng)力因。他建議科學(xué)家應(yīng)當(dāng)用工藝中所見到的那些過程說明自然現(xiàn)象，規(guī)定“我們必須一般地參考手工藝的方式來進(jìn)行研究，并在自然過程和人工過程之間尋找類似之處”。狄奧弗拉斯圖就是這樣把閃電現(xiàn)象比作敲擊石頭發(fā)出的火花，并且設(shè)想太陽(yáng)在破曉和薄暮時(shí)出現(xiàn)的紅色，其原因和綠色木材燃燒時(shí)發(fā)出紅色火焰和煙的原因差不多。
狄奧弗拉斯圖之后，藍(lán)普沙克斯人斯特拉圖（Strato）從公元前287年到269年繼續(xù)主持學(xué)園。斯特拉圖不止觀察自然，還對(duì)自然進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。他把一根木材在加熱前后都稱過，發(fā)現(xiàn)燒出來的木炭和原來木頭一樣大小，但是輕了。斯特拉圖因此設(shè)想有物質(zhì)離開了木材，留下許多小孔。在另一項(xiàng)實(shí)驗(yàn)中，他證明部分抽空的容器會(huì)吸進(jìn)水分，這個(gè)現(xiàn)象他認(rèn)為是水填滿空氣微粒之間空隙的結(jié)果。斯特拉圖認(rèn)為物體一般都由微粒形成，中間存在空隙。他論證說，如果中間沒有空隙，光就不能透過水和空氣，熱也不會(huì)由一個(gè)物體傳給另一個(gè)物體。
據(jù)說斯特拉圖是亞里士多德《氣象學(xué)》第四卷的作者，這本書是亞歷山大里亞時(shí)期煉金術(shù)派以前的唯一研究化學(xué)問題的希臘著作�！稓庀髮W(xué)》內(nèi)載有一切礦物源于地球內(nèi)部蒸發(fā)出兩種氣體的學(xué)說。一種是煙氣，具有熱和干燥性質(zhì)；另一種是蒸氣或水氣，既冷又濕。兩種氣體相互作用就產(chǎn)生各種各樣的礦物，不能熔化的巖石、紅色的顏料、含有較多煙氣的硫和含有較多水氣的金屬。
斯特拉圖之后，雅典的科學(xué)就很少有什么重要的成就。希臘的科學(xué)的主要中心轉(zhuǎn)移到別處去了，主要是亞歷山大里亞。薩摩斯人伊壁鳩魯（Epicurus，公元前342－270）在雅典重新恢復(fù)了原子論，但是他主要是利用這個(gè)學(xué)說和宗教作斗爭(zhēng)。月亮是自己發(fā)光還是反射太陽(yáng)光的問題，他認(rèn)為并不重要，主要的是強(qiáng)調(diào)月亮是和地球一樣性質(zhì)，而不是神圣的。和伊壁鳩魯相反，斯多噶派特別是芝諾（Zeno，約公元前336－264）和阿蘇斯人克利安西（Cleanthes，公元前300－225）則強(qiáng)調(diào)天體神圣說，認(rèn)為天體控制地上人類的命運(yùn)。斯多噶派采納了人是整個(gè)宇宙縮影的見解，并設(shè)想世界不論大小都由一個(gè)絕對(duì)力量統(tǒng)治著。宇宙的統(tǒng)治力量是太陽(yáng)，而不是亞里士多德派所認(rèn)為的原動(dòng)天，因?yàn)樘?yáng)是大宇宙的器官，等于心臟是小宇宙（即人）的統(tǒng)治力量一樣。這樣一種導(dǎo)源于古代美索不達(dá)米亞專制主義的見解，在希臘新興帝國(guó)時(shí)期和后來的羅馬帝國(guó)時(shí)期，是有相當(dāng)吸引力的。
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